Lorsqu’un agent public fait l’objet de poursuites civiles ou pénales l’administration doit couvrir les condamnations dès lors que les faits ont pour origine une faute de service.

Une faute de service peut être imputée à un agent dénommé mais celui-ci est considéré comme avoir agi dans le cadre normal de ses fonctions. Par exemple, si un agent de la voirie renverse un passant parce que les freins du camion étaient défectueux. L'agent a suivi les pratiques habituelles de son service et n'a pas agi par malveillance ou en violant délibérément la loi.

Les fautes personnelles ne sont pas couvertes par la protection fonctionnelle. La faute personnelle est la faute commise matériellement en dehors du service ou la faute particulièrement grave et inexcusable, notamment intentionnelle, commise à l'intérieur du service (ex. : actes de violence sur les lieux du travail, détournement de fonds) ; elle engage la responsabilité de l'agent devant les juridictions judiciaires.

C'est l'administration qui juge si la faute constitue une faute de service ou une faute personnelle de l'agent.

L'agent qui conteste l'appréciation de l'administration et le refus de lui accorder la protection fonctionnelle qui en découle peut formuler un recours devant le tribunal administratif.

La demande de protection fonctionnelle doit être formulée par écrit à ses supérieurs hiérarchiques.

L'administration destinataire de la demande est celle où l'agent exerce ses fonctions. Le fonctionnaire en détachement doit adresser sa demande à son administration d'accueil et non à son administration d'origine.

L’agent doit apporter la preuve des faits au titre desquels il demande la protection fonctionnelle.

En cas de refus, l'administration doit en informer explicitement l'agent. Le refus doit être motivé et indiquer les voies et délais de recours.

L’administration doit apporter l'assistance juridique nécessaire aux agents poursuivis en justice et bénéficiant de la protection fonctionnelle.

L'agent peut choisir l'avocat de son choix. S'il le souhaite, son administration peut l'assister dans ce choix. L'administration n'est pas tenue de prendre en charge la totalité des frais.

L'administration peut rembourser les frais engagés par l'agent avant qu'il ait fait sa demande de protection fonctionnelle.

Des autorisations d'absence peuvent être accordés pour répondre aux demandes de la justice. Pour une audition par exemple.