Si l'agent est fautif, son supérieur hiérarchique peut appliquer des sanctions disciplinaires.

Les sanctions disciplinaires se répartissent en 4 groupes.

Dans certaines situations, l'obligation d'obéissance peut être levée :

lorsque l'ordre donné est manifestement illégal et susceptible de compromettre gravement l'intérêt public. Par exemple, un ordre visant à accorder ou refuser une prestation pour des motifs discriminatoires,

lorsque l'agent a un motif raisonnable de penser qu'une situation de travail présente un danger grave et imminent pour sa vie ou sa santé. Il peut alors faire valoir son droit de retrait et se retirer de cette situation,

en cas de harcèlement. Aucune sanction ne peut être appliquée à un agent qui a subi un harcèlement sexuel ou moral, et qui engage une action en justice. Un agent qui relate de tels agissements ne peut pas non plus être sanctionné.